「한국의 갯벌」의 보호체계는 유산지역의 경우 습지보전법에 기반하고, 육상과 해상으로 구분되는 완충구역은 각각 국토계획법과 공유수면 관리법에 기초하고 있다. 이러한 법들은 유산지역과 완충구역에서의 무분별한 개발행위를 제한하고 있으며, 어업행위(습지보전법 제13조 5항), 개인 소유권 및 재산권에는 영향을 미치지 않는다.

갯벌의 세계유산 등재는 ‘쓸모없는 땅, 매립의 대상’에서 “미래세대를 위해 보전해야 할 인류 모두의 자산”이라는 인식의 확산과 보전중심의 지속가능발전에 중점을 둔 국가관리정책의 대전환을 이룬 초석이 되었다.

세계유산과 관련된 지역주민, 중앙부처, 지자체, 전문가 등 다양한 이해당사자들이 함께 참여하는 통합 협치(거버넌스) 체계가 구성되어 있다. 유산의 효율적인 통합관리와 적절한 지역별 현장관리를 위해 정부, NGO, 지역주민 등 다양한 수준에서의 활동이 진행되고 있다. 또한 자연 및 인공재해와 관련된 위험을 예방, 저감, 대응하기 위한 많은 조치도 시행되고 있다.